近未来の地球、人類は「HUGE（ヒュージ）」と呼ばれる謎の巨大生命体の出現で破滅の危機にあった。
全世界が対ヒュージという一事に団結し、科学と魔法の力を結集した「CHARM（チャーム）」と呼ばれる決戦兵器の開発に成功する。CHARMは10 代の女性に高いシンクロを示すことが多く、CHARMを扱う女性は「リリィ」と呼ばれ英雄視されていく。ヒュージに対抗するためリリィ養成機関「ガーデン」が世界各地に設立され拠点として人々を守り、導く存在となっていった。
これはそんなガーデンでの、立派なリリィを目指して戦う少女たちの物語である。